陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓、陳鎮慧於陳水扁擔任中華民國第10 任、第11 任總統期間，即自89 年5 月20 日起，至95 年8 月31 日止，利用請領國務機要費之職務上機會，共同侵占、詐領國務機要費新台幣（下同）1 億415 萬2395 元（詳參附表一所示），其詳如下：
一、侵占國務機要費部分：
陳水扁、馬永成、林德訓及陳鎮慧均為依法令服務於總統府、有法定職務權限之人，且分別為實際動支國務機要費及審核、處理國務機要費核銷程序之人員，其等皆明知國務機要費係屬向國家支領之公款，必須因公支用，縱國務機要費中在95 年8 月以前由總統辦公室指派專人保管原始憑證部分（即俗稱「機密費部分」，下稱「機密費」）亦然。竟與不具備公務員身分但明知公款應公用之吳淑珍共同意圖為自己或第三人不法所有，基於侵占國務機要費中機密費之概括犯意聯絡，自89 年5 月20 日起至95 年8 月31 日止，由陳鎮慧分別以總統辦公室主任馬永成、林德訓名義領據領得機密費共計1億5944 萬4578 元，交由陳鎮慧保管。惟自89 年7 月間起至95年8 月底止，陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓、陳鎮慧僅將上述所領得機密費之部分因公使用，其餘則作為玉山官邸及陳水扁家人含吳淑珍、陳致中、黃睿靚、陳幸妤、趙建銘之日常私人開銷（詳參附表二所示），而侵占之，金額總計為新台幣1912 萬4078 元。
陳鎮慧所保管之機密費除因公使用及供私人開銷後仍有較多之剩餘時，吳淑珍即於每年年度終了後或不定期，指示陳鎮慧將所保管之機密費現金由總統府搬運至玉山官邸交給吳淑珍而侵占之。其中89 年度現金結餘為1135 萬9966 元、90 年度現金結餘為1278 萬748 元及91 年度現金結餘1373 萬514 元，均由陳鎮慧陸續於翌年年初搬運至玉山官邸交付吳淑珍而侵占之。另陳鎮慧分別於92 年5、6 月間、93 年5 月7 日、94 年8 月16 日、94 年11 月29 日及95 年3 月10 日，受吳淑珍指示，自其保管之機密費現金中分別交付吳淑珍新台幣500 萬元、500 萬元、330 萬元、20 萬元、600 萬元而侵占之。總計由陳鎮慧直接將機密費以現金轉交予吳淑珍侵占之金額共計新台幣5637萬1228 元（詳參附表三所示。唯獨於93 年6 月間，因陳鎮慧保管之機密費現金不足，為支應總統府端午節犒賞之用，乃由吳淑珍交付100 萬元予陳鎮慧。經扣除該100 萬元後，上開93 年5、6 月間實際侵占之金額為400 萬元）。
陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓及陳鎮慧復共同基於行使職務上登載不實文書之概括犯意，明知總統辦公室並非當月底即將該月月初具領之機密費支用完畢，竟由陳鎮慧自92 年1 月起至95 年5 月止於總統辦公室每月應向總統府會計處提出之「審核支出數報告單」上，虛偽記載與該月月初具領之機密費金額相同之「○○年度國務機要經費○○月份支出新台幣○○元整，經核相符。」等文字，表示當月總統辦公室領得之機密費已全數因公支用完畢，並在其上蓋用「科員陳鎮慧」之職章，再由明知機密費實際使用情形及支出金額與「審核支出數報告單」內容不符之前後任辦公室主任馬永成及林德訓，於其上配合蓋用職章或簽核後轉送總統府會計處而行使之，致總統府會計處人員誤信總統辦公室出具之支出數金額，為陳水扁總統業已因公支用機密費之數額，以該不實金額作為正確之結算金額，而將此金額統計後登載於會計處人員職務上所掌之「年度國務機要經費內部審核報告」及其他關於國務機要費之會計、決算報告等文件，足以生損害於
政府財務管理之正確性。
二、以不實「犒賞清冊」詐領國務機要費：
89 年及90 年度，國務機要費中原始憑證需送至總統府會計處審核部分（即俗稱「非機密費」部分，下稱「非機密費」），承襲先前慣例，若至年底尚有剩餘時，總統辦公室得將該部分剩餘撥充機密費，而以領取機密費相同之出具領據方式，於當年底或翌年初向會計處領出使用。89 及90 年度陳水扁等人自非機密費撥充至機密費領用之金額分別為630 萬及562萬3708 元，嗣於91 年4 月間，審計部至總統府查核90 年度國務機要費支用情形後，審計部認基於依相關規定全部國務機要費之支用、報結，應全數檢附原始憑證始可列報，認總統辦公室前此每月將國務機要費半數以出具領據方式領出使用之作法不符規定，因此總統府會計處即著手研議制定關於機密費之支用程序相關辦法，於92 年3 月6 日由總統府秘書長核定實施「總統府國務機要費支用程序作業規定」（下稱國務機要費作業規定）予以明文規範，並停止於年底將非機密費剩餘款撥充至機密費之作法。
總統府會計處於91 年度起停止將非機密費之剩餘款撥充機密費之作法後，陳水扁等人明知全依該規定辦理，年度終了時將有鉅額之非機密費剩餘款未使用完畢必須返還國庫，陳水扁、吳淑珍竟與馬永成及陳鎮慧共同意圖為自己或第三人不法所有，基於詐領非機密費及行使職務上登載不實文書之概括犯意，由馬永成擬定犒賞清冊之名單及金額，指示陳鎮慧未經清冊上總統府及官邸同仁林錦昌、王啟煌、陳慧遊、郭文彬、劉世忠、林德訓、柳嘉峰、陳心怡、施麗雲、江志銘
、彭琳淞、劉導、鄭純宜、陳坤泰同意而私自偽刻印章，盜蓋於上開犒賞清冊上，並刻馬永成及陳鎮慧印章亦蓋用其上，表示上開16 人之犒賞金額已領取，以製作內容不實之「總統府（總統辦公室工作季獎勵）總統犒賞清冊」，並將上開犒賞清冊均封存於總統府公文封內，公文封上註明「非經馬主任永成允許不得影印調閱」或「奉示非經馬秘書同意不得拆閱」等語，以掩飾犯行；再由陳鎮慧製作不實之「總統府支出憑證粘存單」及「總統秘書室經費支付報告單」，虛偽登載「總統犒賞雜支」等不實支出事由，另在支付報告單上蓋用「科員陳鎮慧」之職章表示確有該筆支出，再由馬永成於報告單上「批示」欄內簽名批可後，連同上開犒賞清冊由陳鎮慧於91 年8 月至92 年5 月間共分7 次持向總統府會計人員行使而詐領非機密費，致負責審核之總統府會計處科長梁恩賜及代蓋「會計長馮瑞麟（乙）」章之專門委員許隆演等人均陷於錯誤，誤以為總統確為犒賞員工而有上開支出，而將不實支出事項登載於職務上所掌之支出傳票等公文書，均足以生損害於政府財務管理之正確性，再由陳鎮慧如數詐得各該犒賞清冊上金額，存放於其保管機密費現金之保險箱中使用，共計以此方式詐領國務機要費中非機密費新台幣663 萬8000 元（詳參附表五所示。其中92 年3 月13 日、92 年5 月20 日二次詐領金額計新台幣223 萬6000 元，嗣於92 年9 月23 日向會計處辦理支出收回而繳回會計處，故未列入前述金額）。三、以「他人消費付款而取得之統一發票」（下稱「他人發票」）及「已付款之統一發票」詐領國務機要費：
陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓及陳鎮慧以上開虛偽犒賞名義詐領非機密費後，竟另行起意（吳淑珍、馬永成及林德訓此部分所涉詐領非機密費及行使偽造文書罪嫌與台灣台北地方法院檢察署95 年度偵字第23708 號案起訴書有裁判上一罪及事實上同一之關係，移台灣台北地方法院併案審理）明知非機密費依「支出憑證處理要點」第三點「各機關員工向機關申請支付款項，應本誠信原則對所提出之支出憑證之支付事實真實性負責，如有不實應負相關責任」之規定及總統府多年來慣例，非機密費部分請領時必須檢具包括收據、統一發票或相關書證之原始憑證，亦即以請領者有實際支出為必要，竟共同意圖為自己或第三人不法所有，基於詐領非機密費及行使職務上不實登載文書之概括犯意聯絡，利用請領國務機要費之職務上機會，自91 年7 月起，由吳淑珍連續蒐集第一家庭成員含其本人、陳致中、陳幸妤、其女婿趙建銘平日消費所取得之發票，另向不知情之親友施麗雲、蔡美利、種村碧君（又名「李碧君」）、王春香、陳建隆、許麗鳳、林命群、玉山官邸總管陳慧文與員工李黃美秀，及公司負責人張從銘（英主貿易有限公司負責人）、陳政信（金生儀鐘錶股份有限公司負責人）等及其他不明身分人士，索取施麗雲等人之他人發票。當所蒐集之發票消費金額累積至新台幣數千元至數十萬元不等，即由吳淑珍將之裝入小信封袋後交由不知情之玉山官邸總務林哲民，再由林哲民轉交予明知該等發票係他人發票之陳鎮慧，或由吳淑珍直接將發票交付陳鎮慧，陳鎮慧並將已以所保管之機密費現金付款之統一發票二紙（詳後述），再由陳鎮慧以經辦人身分製作登載不實支出事由之「總統府支出憑證粘存單」與「總統秘書室經費支付報告單」（93 年8 月以後二者合併為「總統府粘貼憑證用紙」），並在該等發票空白之買受人欄蓋上「總統府」之條戳，再以便利貼或鉛筆在支付報告單註明「夫人 」，呈由受陳水扁指示准許吳淑珍申領國務機要費之總統辦公室前後任主任馬永成與林德訓批可後，再持向總統府會計人員申領國務機要費，致負責審核之總統府會計處專員邱瓊賢、科長藍梅玲及代蓋「會計長馮瑞麟（乙）」章之專門委員許隆演等人均陷於錯誤，認定該等發票均係總統本人依據憲法規定行使職權所實際支出之花費，而均准由總統府第三局出納科發給同額現金，陳鎮慧領得現金後再以信封內裝該等現金交由林哲民轉交予吳淑珍夫人收受。總計自91 年7 月間起至95 年3 月間止，由陳水扁、吳淑珍、馬永成、林德訓及陳鎮慧等人依上揭方式共同利用職務上機會詐取之非機密費共新台幣2740 萬252 元（他人發票詳參附表六所示。此部分金額包括台北地方法院檢察署95 年度偵字第23708 號起訴書犯罪事實欄一之1480 萬8408 元、犯罪事實欄二之1195 萬44 元及後述以已付款之單據詐領之64 萬1800 元），且其等行使變造買受人統一發票之行為使總統府會計處人員登載不實之支出事項於職務上所掌之支出傳票等公文書上，均足以生損害於政府財務管理之正確性。
其中於94 年12 月間，陳水扁、吳淑珍、林德訓及陳鎮慧明知「捐助台灣教授協會新台幣十萬元」、「支付裕華彩藝股份有限公司印製費新台幣54 萬1800 百元（印製「海洋國家進步台灣」一書）」二筆款項，已於同年11 月間由上開陳鎮慧所保管之機密費現金支付，其等竟再以上開捐款收據及統一發票連同相關請款文件，以前述核銷及請款程序重覆向總統府會計處及第三局出納科請領國務機要費中非機密費，而以此詐領新台幣64 萬1800 元（詳參附表七所示）；陳鎮慧於得款後將現金裝入信封袋內，並於信封袋貼上記載「原機要費憑證11-5、11-6 核銷轉會計處結報－夫人親收」之紙條後，直接將該裝有現金之信封袋交吳淑珍收受。
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